Il commence sa carriere à River Plate en 1993 où il inscrit 13 buts en 25 matchs. La saison suivante il remporte le championnat d'Argentine.
L'Europe l'attire et il commence sa carriere européenne en Italie à Parme avec des joueurs comme Fabio Cannavaro, Gianluigi Buffon et Lilian Thuram. Il marque 12 buts en 27 match lors la saison 96/97 et découvre la C1 l'année suivante. Il remporte la finale de la Coupe UEFA où il marque un but. Puis pendant deux saisons la Lazio se l'arrache pour 56 millions d'euros ! Avec le club romain il termine meilleur buteur du championnat.
Il rejoint ensuite l'Inter de Milan mais se blesse en janvier 2003. Et a l'entre-saison il signe a Chelsea, mais n'arrivant pas a s'intégrer il est prêté a au Milan Ac où il ira jusqu'en finale de la C1. Il revient a Chelsea qui remporte le titre d'Angleterre. Mais l'arrivée d'Andrei Schevchenko à Londres va précipiter son départ.
En 2006 Hernan signe à l'inter, il re-devient nerazzurro. L'attaquant argentin est prêté pour 2 saisons avec une option d'achat s'élevant aux alentours de 4 M¤ à chaque fin de saison.
Crespo a inscrit 119 buts en 216 matches de Serie A et 4 buts pendant la Coupe du monde.
Hernán Crespo est le seul joueur à avoir marqué au moins un but en Ligue des Champions avec cinq clubs différents (Parme AC, Lazio, Milan AC, Chelsea FC et l'Inter).
Tout recemment, Hernan a prolongé son contrat jusqu'en 2010 avec l'Inter de Milan, suite à l'accord de Chelsea à ce propos.
Palmarès:
Vainqueur de la Copa Libertadores en 1996 avec River Plate
Vainqueur de la Coupe UEFA en 1999 avec Parme AC
Champion d'Argentine en 1995 avec River Plate
Vainqueur de la Coupe d'Italie en 1999 avec Parme AC
Meilleur buteur de la Série A en 2001 avec la Lazio Rome.(26 buts)
Champion d'Angleterre 2006 avec Chelsea
Super Coupe d'Italie en 2006 avec l'Inter Milan
Champion d'Italie en 2007 avec l'Inter Milan
Finaliste de la Supercoupe d'Italie en 2007 avec l'Inter Milan
